Na elekcji Jeremi popierał Karola Ferdynanda Wazę - zwolennika wojennego rozwiązania sprawy Kozackiej, jednak już pod Lwowem Chmielnicki wyznacza swojego kandydata - Jana Kazimierza, i on też na nieszczęście Rzeczpospolitej został wybrany. Jeremi wraz z elekcją Jana Kazimierza stał się obiektem szykan Króla - i tak jedyną rzeczą, jaką Sejm koronacyjny uczynił co do obrony było odebranie Jeremiemu buławy. Król wypowiedział wtedy takie słowa:
"Służyłeś , książę Rzeczpospolitej, ale nie nam; nie chciałeś, byśmy byli królem, a my teraz my nie chcemy, byś był hetmanem. (...) Przy nas być ci się nie godzi i dopóki za łaską bożą jesteśmy królem, ty naszego wojska prowadzić nie będziesz. Monarchowie szanują tych, którzy zdrowia ich pilnują i dobrze im życzą."
Sejm ten miał też sądzić winnych klęski piławieckiej, ale skończyło się na "ukaraniu" Zasławskiego województwem Krakowskim... Tak końca dobiega rok 1648. 

Na początku 1649 trzej nowi regimentarze - Firlej, Lancokoroński i Ostroróg ruszają na Ukrainę, jednak ich "ofensywa" szybko zamienia się w odwrót i ostatecznie stają obozem pod Zbarażem.
    Jeremi cierpiąc z powodu swojej tragicznej sytuacji finansowej musi prosić o pożyczki na zaciąg wojsk. Ostatecznie staje pod Wiśniowcem w sile ok 1,5 tysiąca żołnierza. 7 Lipca Jeremi wkracza do obozu regimentarskiego, ku radości wojska wszelkiego. Jeremi na wstępie karci regimentarzy za złe przygotowanie obozu. Regimentarze okopują się więc według wskazówek Jeremiego. Budową umocnień ziemnych kierował Lotaryńczyk Dubois. Zamek, jako za mały do obrony, umocniono jeszcze obozem warownym otoczonym wałem ziemnym. Na samym wstępie Lanckoroński i inni regimentarze proponują Jeremiemu dowodzenie, jednak on odmawia (Lanckoroński chciał mu nawet oddać buławę, lecz Książę odmówił słowami "nie ja panu buławę dawał, i nie ja będę ją panu odbierał"). Ostatecznie Jeremi zgodził się tylko na przyjęcie go do rady wojennej. Jednak to on, zarówno jako opiekun majątków młodych, Wiśniowieckich, czyli zarządca Zbaraża, jak i jako dowódca obrony zamku, będzie do końca uważany (i słusznie!) za faktycznego dowódcę. Po podziale na sektory wałów (Jeremi bronił zamku i wałów łączących obóz warowny z zamkiem od zachodu) Polacy posyłają po siano dla koni czeladź, jednak wojska Kozackie ją dopadają i wycinają. Jest to dla obrońców strata ok.1000 ludzi.
    Pierwsze stracie wojsk Polskich z Kozakami, a raczej Tatrami było dość symboliczne. Na przeciw siebie staje 2.000 Tatarów tatarskich i 150 Tatarów (Lipków, czyli Tatarów osiadłych w Polsce) Jeremiego. Stosunek sił wypada marnie, jednak mimo to Tatarzy Jeremiego ku zdziwieniu obu stron walczyli nadzwyczaj dzielnie. Gdy Kozacy i Tatarzy zaczęli przejmować inicjatywę Jeremi ruszył na czele swych chorągwi jazdy. W tym samym momencie, co Jeremi centrum wojsk kozackich atakuję z jazdą Aleksander Koniecpolski, syn ś.p.Hetmana, były regimentarz, zadając Tatarom wielkie straty (ginie min. Podskarbi Tatarski). Jednak mimo strat Kozacy atakują taborek Jermiego, który z niewiadomych przyczyn znajdował się na zewnątrz fortyfikacji (Ludwik Kubala twierdzi, że właśnie zdążał do Zbaraża). Teraz z kolei Jeremi musi osłaniać odwrót taboru w obręb fortyfikacji. Ten dzień okazał się dla Polaków zwycięski, co dobrze wróżyło na przyszłość.
Jeremi (co zabrzmi głupio) wydaje ucztę, nam w obliczu wroga wydaje się to mówiąc brzydko idiotyzmem, jednak miało to ogromne znaczenie moralne.
10 lipca pod Zbarażem staje Chmielnicki . 11 odbywa się straszny dla obrońców aczkolwiek odparty szturm, po którym łatwiej było w obozie o kule "niż w powiacie lwowskim o kokoszy owoc". Były tego dnia chwile zwątpienia, gdy Regimentarze nie dawali rady, jednak Jeremi był wszędzie, "Wydawał rozkazy, zagrzewał żołnierzy do walki(...)" [Jan Widacki], szturm mimo strat został odparty. Wieczorem 13 lipca po trwającym od rana ostrzale Kozacy przypuszczają kolejny szturm. Chmielnicki widząc, że obozu polskiego nie weźmie jednym uderzeniem zmienia strategie: piechotę dzieli na dwie części - jedna ma szturmować pozycję Firleja, druga pozycję Wiśniowieckiego, ma to spowodować podzielenie się polskich i niemożność odparcia przez nie szturmu całością sił. Ponadto na pozycje Polaków sypie się deszcz strzał tatarskich. W krytycznych chwilach Regimentarze chcieli się cofać do zamku, ale na to nie pozwolił Książę Siedem razy Kozacy wpadali na polskie wały, ale za każdym razem ich odpierano. Wieczorem było blisko do klęski - chorągiew kozacka  łopotała na wałach obozu jednak Kozacy, najprawdopodobniej planując przegrupowanie wycofali się i już na wał nie byli w stanie wrócić. Na idące do ataku na Firleja wojska Zaporożców, uderzył rozproszył Marek Sobieski (brat przyszłego króla - Jana) lub Koniecpolski (dokładnie, który z nich nie wiadomo).
W trakcie walki ginie Burłaj (niegdyś zdobył on na czele Zaporożców Synopę), kto go zabił nie wiemy. Wiemy za to jak zginął - otóż uderzył on w lukę w wałach między miastem, a obozem. Mająca bronić tej luki piechota Węgierska uciekła, zatrzymał ją dopiero Przyjemski zatrzymując (inni twierdzą, że zabijając) ich dowódcę szablą. Tymczasem Burłaj wkroczył do polskiego obozu. Miał on jednak pecha, bo obrońcy wałów otaczają go i wycinają, a idące dla niego posiłki rozgania jazda.Ostatecznie i ten szturm odparto. Ten dzień ujawnił wszystkie mankamenty wałów - za duże rozmiary utrudniające obronę. Toteż w nocy z 13/14 wzniesiono i zajęto pozycje w mniejszych wałach. 16 Lipca Kozacy próbują szczęścia szturmując zamek i chcąc odciąć obrońców od jedynej studni jednak i ten zamiar spełzł na niczym. 19 lipca następuje najpotężniejszy, a zarazem najlepiej przygotowany szturm.
Tego dnia też kozacy użyli po raz pierwszy i ostatni   wież (raczej w wypadku pana Hoffamana wiezy)  oblężniczych zwanych po rusku "Hulajgrodami", nie wiemy ile ich było, bo ich liczba podawana przez kronikarzy waha się od kilku do kilkudziesięciu. Silny szturm połączony z atakiem Hulajgrodów o mało nie zakończył dziejów oblężenia Zbaraża. Jednak w obliczu klęski zdarzyło się coś, co wszyscy odczytali, jako opatrzność niebios - spadł deszcz. Hulajgrody ugrzęzły, a opady ochłodziły temperament atakujących, którzy wycofali się. Urządzenia oblężnicze pozostawiono pod słabą strażą niedaleko obozu polskiego. W nocy z tego ostatniego wyruszyła wycieczka, która spaliła owe wieże (i jak przy tym wygląda wersja zniszczenia wieży na filmie pana Hoffmana?). Niepowodzenie szturmów, oraz krwawe straty zmusiły Chmielnickiego do zaprzestania ich i rozpoczęcia blokady warowni. Metoda, jaką przyjęli Kozacy była iście genialna - wznieśli oni wysoki wał znacznie wyższy od polskiego, z którego można było mierzyć do wnętrza polskiego obozowiska. Odtąd Polacy musieli okopywać nawet konie i budować schrony, każdy ruch w polskim obozie był natychmiast zauważany. Roznoszenie rozkazów stało się śmiertelnie niebezpieczne. Codziennie od kul ginęło wielu towarzyszy. Próby rokowań z Chanem dwukrotnie skończyły się groźbą, że jutro wytarga on wszystkich za łeb (!). Co prawda była też propozycja by Jeremi przyszedł negocjować do obozu wroga, jednak jak zeznał pojmany podczas jednego z wypadów "język" miało to na celu zwabienie Jaremy w pułapkę. 28 lipca miało miejsce ciekawe zdarzenie - wracającego z poselstwa do Chana, Janickiego odprowadził polski szlachcic - Jan Wyhowski, kupiony przez kozaków z niewoli tatarskiej pod Żółtymi Wodami za jedną kobyłę, obecnie pisarz wojsk zaporoskich, a jak się okazało 20 lat później - przyszły hetman zaporoski i współtwórca unii hadziackiej. 30 lipca Polacy wycofują się do 10-cio krotnie mniejszego od pierwszego obozu , co było spowodowane stale kurczącą się liczbą obrońców, jak i potrzebą oddalenia się od wału kozackiego. Głód i choroby tak dawały się oblężonym we znaki , że czeladź błagała aby ją wypuścić z obozu (łudziła się, że tatarzy wezmą tak wynędzniałych ludzi w jasyr. Jednak, jak sie potem okazał, gdy wypuszczono 4000 chłopów, wszystkich wycięto. Mimo to reszta czeladzi prosiła o wypuszczenie, na co nie zgodził się Jeremi i kazał żywić czeladź z resztek racji wojskowych. 6 lub 7 czerwca u króla w Toporowie zjawia się z listem od Jeremiego niejaki Mikołaj Skrzetuski, towarzysz chorągwi pancernej, przebrany za Chłopa, aby dotrzeć do króla przepłynął on staw Zbaraski. W nagrodę miał on otrzymać najbliższy wakatujący wakans, na zaliczkę otrzymał od króla 100 czerwonych złotych, od Kanclerza szaty, konia i czapkę.
    15 Sierpnia Kozacy sądząc, że oblegani z okazji święta Matki Boskiej Zielnej udadzą się do kościoła, szykowali szturm, jednak podstęp rozpoznano i niewielu w tym dniu wysłuchało mszy. Tymczasem pod Zborowem trwała bitwa między Królem idącym z posiłkami dla Zbaraża, a Chmielnickim. Do dziś nie wiadomo ostatecznie, kogo uznać za jej zwycięzcę - każda ze stron uznawała się za niego. Ja uważam, że zarówno bitwa, jak i ugoda były klęskom dla Polski. Ostatecznie 23 sierpnia pod Zbaraż dociera Tobiasz Minor z wiadomością dla Obrońców, że pod Zborowem zawarto ugodę z Chmielnickim, tego dnia swoje fortyfikacje opuszczają Kozacy, i 25 ruszają szykiem taborowym na Ukrainę. Polacy fortyfikacje kozackie niszczą na wszelki wypadek.
    Akcent kończący bohaterską obronę musi być niestety też niechlubny, bo tuż po obronie wybucha między Ostrorogiem, a Firlejem i ich wojskami regularna bitwa o stare XVI-wieczne działo pozostawione przez Kozaków jako przestarzałe.
    Król w ugodzie Zborowskiej zobowiązał się, ku gniewowi obrońców zapłacić Chanowi, rzekomo obiecany przez obleganych okup, jednak Firlej nie zgadza się na płacenie czegokolwiek. ostatecznie obrońcy płacą 40.000 z rzekomych 200.000 zł.. Obrońcy wycofują się z zamku w kierunku na Gliniany gdzie kazał się im stawić Król. Uprzednio dzielą się na trzy części. Jeremiemu przypadło dowództwo resztek jazdy, które miały uchronić Polaków od ewentualnej powtórki z Żółtych Wód, gdzie Tatarzy zaatakowali cofające się wojska polskie po zawarciu ugody. Opuszczało wojsko z żalem miejsce, w którym okryło się wieczną chwałą. Tym bardziej żal im musiało być ok. 2.000 zabitych w polu i zmarłych od ran, że ugoda zborowska nie była współmierna do ich sukcesu... 

A oto warunki ugody zborowskiej:
- podnosiła ona rejestr kozaków do 40.000 z 7.000
- znosiła Unię Kościelną
- metropolita Kijowski miał mieć miejsce w Senacie
- znosiła własność szlachty do ziem w trzech województwach, na tych terenach władze mogli pełnić tylko Ukraińcy i nie wolno tam było wkraczać wojskom hetmańskim .
- zatwierdzała Chmielnickiego jako Hetmana Wojsk Zaporskich
- zezwalała Tatarom na zgrabienie, w drodze powrotnej na Krym, Podola i Bracławszczyzny.