W roku 1668 szlachta, przez pamięć na jego wielkiego ojca i pod wpływem narastającej po potopie ksenofobii, wybrała go królem. Elekcje tą sprowokował też poniekąd Andrzej Olszowski, który, licząc na zajęcie wysokiego stanowiska obok marionetkowego monarchy, wysunął w swym pisemku ulotnym jego kandydaturę. Tak jego elekcję i jej nastroje wspomina Jan Chryzostom Pasek: "(...)pod Warszawą primis diebus Iulii 3 stanęliśmy.(...) (...)nam trzeba virum fortem, virum be'licosum. Gdybyśmy byli mieli Czarnieckiego, pewnie by był usiadł na tronie; że go nam Bóg wziął, obierzmy jego ucznia, obierzmy Polanowskiego." To się agituje; ja per curiositatem skoczyłem do Sandomierzan ów, którzy najbliżej nas stali, aż tam trafiłem ha tę materyją, że życzą sobie de sanguine gentis i mówią: "Niewiele by nam trzeba szukać króla, mamy go między sobą. Wspomniawszy na cnotę i poczciwość, i przeciwko ojczyźnie wielkie merita księcia ś. pamięci Hieremiego Wiśniowieckiego, słuszna by rzecz zawdzięczyć to jego posteritati. Owo jest książę JMość Michał; czemuż go nie mamy mianować? Albo nie z dawna wielkich książąt familjjej? Alboż nie godzien korony?" A on siedzi między szlachtą pokorniusieńki, skurczył się, nic nie mówi. Skoczę ja znowu do swoich i powiedam: "Mości Panowie, już w kilku województwach zanosi się na Piasta". Spyta mię pan krakowski: "A na któregoż?" Powie- dam, że "na Polanowskiego, a tu na Wiśniowieckiego". A tymczasem hukną w Sandomierskiem: " Vivat Piast!" Dębicki, podkomorzy, ciska czapkę do góry, wrzeszczy na wszystek głos: " Vivat Piast! Vivat rex Michael!" A tu też nasi Krakowianie: " Vivat Piast!" Rozbieży się nas kilka między województwa insze z musztułukiem, wołając: " Vivat Piast! " Łęczycanie i Kujawianie rozumiejąc, że na ich ręce, biorą go do koła. Starszyzna nasza krakowska negat, contradicit (bo od inszych piniędzy dużo nabrali i obietnice mieli wielkie), osobliwie Pisarski i Lipski mówiąc: "Dla Boga! co czyniemy? Czy nas szaleństwo ogarnęło? Stójmy! tak nie może to być". Pan krakowski już od nas odstąpił, to jego był krewny; tam jest, przy nominacie. Inszych senatorów idzie obviam wiele. Jedni powtarzają, drudzy też milczą. Rzecze do mnie Pisarski (bo też on mię przecie miał w powadze): "Mości panie bracie, co w tym terminie rozumiesz?" Odpowiem: " To rozumiem, co mi Bóg do serca podał: Vivat rex Michael!" Potem zaraz wyjadę z szerega, skoczę za Sandomierzanami; co żywo, za mną, że i chorążowie z chorągwiami musieli, a Pisarski czapką tylko o łeb uderzywszy pojechał na stronę. Wprowadziliśmy go tedy do koła szczęśliwie. Tam dopiero gratulationes, tam dopiero pociecha dobrych, a smutek złych. Czyniłci arcybiskup te ceremonije, co do jego urzędu należały i jako to circa inaugurationem i w inszych gratiantm actionis po kościołach cyrkumstancyjach, ale z jakim sercem, z jaką ochotą! Właśnie kiedy owo wilka zaprzęgą do pługa i każą mu gwałtem orać. Co wybuchnęło potem in publicum; co z dobrym panem robili za dziwy, 0 tym się niżej napisze. Nazajutrz zaraz był król kilką milionów droższy; tak wiele mu nadano podarunków, karet, rugów, obici ów, sreber i różnych splendorów. Nawet sami posłowie tych książąt, którzy o koronę konkurowali, dawali mu podarunki. Dosyć na tym, że tak P. Bóg ku niemu skłonił serca ludzkie, że to, kto co mógł mieć najspecyjalniejszego, to mu niósł a oddawał: nie tylko z koni pięknych, rumaków, ale i z rynsztunków, kto miał choć parę pistoletów w heban oprawnych albo w słoniową kość."

29 września roku pańskiego 1669 w Krakowie odbyła się jego koronacja. Na koronacji przyjął imiona Michał Korybut (dla upamiętnienia pochodzenia Wiśniowieckich od Korybutowiczów). Niestety w niewielu rzeczach upodobnił się do swych przodków - wykazał się słabym charakterem i brakiem wyczucia politycznego. Historycy zanotowali też, że pił więcej piwa niż wina, objadał się cytrusami, a choć znał osiem języków, to w żadnym z nich nie miał nic ciekawego do powiedzenia.
Od samego początku panowania poddał się wpływom Wiednia, radząc się za każdym razem rezydenta cesarskiego Mayenburga i Andrzeja Olszowskiego, który został jego kanclerzem. Został ożeniony z siostrą cesarza Austrii - Eleonorą Marią Józefą. Kobietą piękną, wykształconą i inteligentną, która wiernie stała przy jego boku, aż do jego zgonu. Ich ślub odbył się 27 lutego 1670 roku na Jasnej Górze.
Jego panowanie przypadło na okres wyjątkowo trudny. Będąc pierwszym od 81 -lat władcą "nie - Wazą", musiał znosić wszystkie skutki zgubnej polityki poprzedników, a że sam władze zawdzięczał szlachcie, więc musiał ciągle walczyć o jej poparcie.

Mając przeciw sobie wroga w postaci Sobieskiego, Morsztyna i reszty stronnictwa francuskiego znajdował się Michał w sytuacji wyjątkowo trudnej. Stronnictwo francuskie utworzyło nawet plan detronizacji króla, na podstawie jego rzekomej impotencji, jednak plan ów się nie powiódł. Plan ów polegał na zwołaniu w Szczebrzeszynie konfederacji wojska, wiernego hetmanowi, przeciwko królowi. Chciano obrać na jego miejsce, któregoś z książąt francuskich. W odpowiedzi na konfederację szczebrzeszyńską hetman wielki litewski - Michał Kazimierz Pac - zwołał w Gołębiu konfederację szlachty w obronie króla. Te rozgrywkę wygrał hetman Pac i Sobieski oficjalnie musiał przeprosić króla. Hetman Sobieski nie został bardziej ukarany, gdyż nad krajem wisiał cień Turków. Jednak to posunięcie kosztowało Sobieskiego utratę poparcia szlachty, która odtąd do każdej jego inicjatywy będzie podchodziła bardzo nieufnie.

W dodatku w chwili najmniej na to odpowiedniej Sobieski rozpętał w kraju istną burzę, a wojska zamiast bronić kraju wyszły walczyć przeciw sobie. Kto wie, czy nie przyczynił się w ten sposób do kolejnej klęski, która miała spotkać Polskę.

Bowiem cały ten zamęt wykorzystali Turcy, którzy oblegli Kamieniec Podolski. Nie zdobyli go, ale udało im się wymusić na Rzeczpospolitej traktat Buczacki, w którym zobowiązywała się ona m.in.:
- oddać Podole Turkom,
- oddać Doroszeńce jako lennikowi Turcji część Ukrainy,
- i co było najbardziej hańbiące płacić Turkom coroczną kontrybucję.

Hańbę tę zmazał, pojednawszy się na sejmie w 1673 roku z królem , hetman Sobieski w bitwie pod Chocimiem (osobiście traktował ją też jako zemstę za klęskę swego pradziada - Stanisława Żółkiewskiego pod Cecorą ). Dalsze kroki wojenne storpedował niechętny Sobieskiemu Hetman Litewski Michał Kazimierz Pac oraz śmierć króla. Który zmarł we Lwowie 10.XI.1673 roku.

W ten sposób dokonał bezpotomnie życie jedynak Jeremiego. Umierając miał lat tylko 32, a kto wie, może jeśli Bóg by mu dał żyć dłużej, mógłby nawet stać się jednym z najwybitniejszych królów polski, ale uniemożliwił mu to ten sam wróg co jego ojcu - czas. Wraz z nim umarło '' królewskie'' odgałęzienie rodu Wiśniowieckich.

Nieznany poeta uczcił go w dziele Epithafium Serenissimi Regis Poloniae Michaelis tymi słowami, które dość trafnie oddają jego życie:

Michał nie cieszy się sympatią historyków - Paweł Jasienica obszedł się z nim brutalnie, powołując się na jego "impotencję" i pisząc, że "Jeremi Wiśniowiecki pozostawił po sobie, na nieszczęście Rzeczpospolitej, syna jedynaka"...
Historycy są zgodni co do jednego - że był zdziewiczały , ale zarzut jak na tamten okres nie jest straszny, bo zdziewiczenie było drugim po przechrzczeniu się prądem jakiemu ulegali książęta Ruscy [Zasławscy za sprawą Dominika zdziewiczeli pokolenie wcześniej].